As alterações também podem ser do tipo estrutural, quando há alteração na estrutura do cromossomo, como por exemplo a deleção de partes do DNA. Um exemplo de síndrome causada por alteração na estrutura do cromossomo é a síndrome de cri-du-chat, conhecida como miado do gato, causada pela deleção de parte do braço curto de uma dos cromossomos do par 5.

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